平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年1组の雾隠虎太郎は400年以上続く雾隠流忍者の迹取り息子で、今日も修行を抜け出して游びに行こうと父亲の藤兵卫と亲子喧哗に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵卫が误って全宇宙の支配を目论む大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしまう。苏ったゴクアークは人间界を大魔界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再封印する。しかし、ゴクアークは封印される一瞬の隙を见て暗の魔导士・ヤミノリウスIII世を人间界に遣わした。
学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを见つけた虎太郎と友达の风祭鹰介、流崎力哉の三人はエルドランの愿いにより、ガンバースーツで超能力を身に着けたスーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召唤する魔界の生物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノリウスに「谁かに正体がバレると犬になる呪い」をかけられてしまった。
かくして虎太郎たちは、呪いで犬になってしまった藤兵卫（ゴン）を协力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目になったのである。
近所のブタネコに夺われていた雾隠家のご先祖様が大魔界の秘密を记したという巻物には、ゴクアークの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が书き残してあった。そしてブタネコとヤミノリウスも交えた巻物争夺戦の末、ついに三大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが苏ってしまい…？